Hellmuth Frey hat im 20. Jahrhundert besonders durch die von ihm herausgegebene Kommentarreihe Die Botschaft des Alten Testamentes Generationen von Bibelauslegern und Predigern geprägt. Auch als Theologe war er stets einem seelsorgerlichen und praktischen Anliegen verpflichtet. In seinem Ansatz der Pneumatischen Exegese wurde die Lehre von den zwei Naturen Christi für Frey zum Schlüssel, um die Bibel als Gotteswort und Menschenwort zugleich zu sehen, und wissenschaftliche Exegese und gläubiges Erfassen der Schrift zu verbinden.