Durch einen Unfall auf hoher See werden Sonne und Mond voneinander getrennt - während Sonne an einen Strand der Insel Ula-Ula gespült wird, verschlägt es Mond zum Æther-Paradies, wo sie Bekanntschaft mit Vertretern der Æther Foundation macht. Mittlerweile haben sich die Captains der Alola-Region zusammengeschlossen, um das Rätsel des Spalts im Himmel zu lösen. Ihr Weg führt zunächst zum Versteck von Team Skull.